Séquençage de génome : de plusieurs année à quelques minutes
Nous allons commencer aujourd’hui par une percée impliquant plusieurs technologies différentes.
NVIDIA – la société de semi-conducteurs la plus avancée du monde – vient de s’associer à une équipe de recherche de Harvard.
Leur objectif était d’utiliser un logiciel d’intelligence artificielle (IA) tournant sur les processeurs graphiques (GPU) de NVIDIA pour séquencer le génome entier de cellules rares. Il s’agit de cellules qui sont éparpillées dans le corps, ce qui les rend difficiles à séquencer avec les méthodes traditionnelles.
La convergence de 3 technologies de pointe
C’est un excellent exemple de la convergence des technologies. Nous avons un logiciel d’IA, le matériel GPU de NVIDIA et la technologie de séquençage de génome, chacun étant déployé en tandem pour s’attaquer à une tâche complexe.
L’équipe a pu séquencer le génome complet de ces cellules rares en un peu moins de 30 minutes grâce à l’intelligence artificielle fonctionnant sur le matériel NVIDIA. Auparavant, il fallait 15 heures et un gros système informatique faisant tourner 32 unités centrales de traitement pour accomplir la même tâche.
L’équipe a donc pu réaliser un séquençage complexe du génome en une fraction du temps avec un système informatique plus petit et moins coûteux, pour une fraction du coût. C’est ce que l’on peut obtenir en unissant la puissance de différentes technologies.
Une amélioration exponentielle en 20 ans
Il y a seulement 10 ans, il fallait des jours pour un séquençage de génome entier. Et 10 ans auparavant, il fallait des années pour séquencer un génome entier.
Nous sommes passés d’années, de mois et de jours à 30 minutes – tout cela en seulement deux décennies. Il s’agit d’une diminution exponentielle du temps nécessaire pour le séquençage du génome entier. Et ce temps économisé est également combiné à une baisse exponentielle du coût.
Cette avancée est particulièrement importante car elle ouvre la voie au séquençage de génomes à partir d’un échantillon de petite taille. En travaillant avec des cellules rares, l’équipe a démontré que cette approche permettait de séquencer l’ensemble du génome avec environ 10 fois moins de cellules que ne l’exigent les méthodes traditionnelles.
Les scientifiques disposent ainsi d’un outil qu’ils peuvent utiliser lorsqu’ils ne disposent pas d’un grand échantillon de cellules pour travailler. Et cela accélérera considérablement le développement de thérapies cellulaires rares.
